
Bien que modeste, le territoire de Djibouti présente des espaces relativement variés : sur 23 200 km2, il compte en effet des monts volcaniques et des lacs salés, des cuvettes dont le niveau est inférieur à celui de la mer et des sommets de plus de 1 200 m d'altitude, des plaines et des plateaux…
De formation volcanique ancienne, l’espace djiboutien, malgré sa diversité de paysages, présente une unité majeure : il s’agit d’un espace largement rocheux et aride, malgré la présence d’une multitude d’oueds intermittents et de deux lacs – le lac Assal (un vaste lac salé), au centre du pays, non loin du Goubet, et le lac Abbé (une cuvette calcaire), à la frontière sud-ouest avec l’Éthiopie. Ainsi, les températures y sont élevées (supérieures à 30 °C, jusqu’à 45 °C en été) et les précipitations rares, définissant un climat tropical aride.
Le relief de Djibouti est contrasté. Plaines, plateaux ou chaînes montagneuses sont pour l’essentiel des espaces secs aux paysages désertiques, des sables du Petit et du Grand Bara, au sud-ouest de Djibouti, au plateau de Dakka, à l’est du lac Abbé, et aux monts Dadar ou Goda, qui culminent à 1 799 m, au nord-ouest de Tadjourah.
Entre deux chaînes montagneuses s’intercalent toutefois de nombreuses plaines d’altitude élevée (plus de 300 m pour la plaine de Der Ela, à l’ouest d’Assal), faible (moins de 150 m pour la plaine de Gaggadé, au sud de la plaine de Der Ela), ou d’altitude inférieure à celle de la mer (- 22 m pour la cuvette des Allols, au nord du lac Assal). Certaines d’entre elles sont aussi arides que les sommets, d’autres sont au contraire des espaces humides, comme la plaine de Hanlé ou la plaine de Doda, où poussent des acacias et des palmiers, et où la faune, notamment l’avifaune, est abondante.
Le littoral est lui aussi contrasté, tantôt rocheux comme dans le golfe du Goubet, tantôt marécageux, comme le long de la lagune de Godoria, qui abrite une mangrove. Enfin, les îles (Maskali et Moucha à l’entrée du golfe de Tadjourah ; des Sept Frères face au Yémen) constituent un écosystème à part, notamment sous-marin, idéal pour la plongée.