Marais, lagunes et mangroves forment un réseau dense qui abrite une faune remarquable (martins pêcheurs, crabes, ratons laveurs). Pour les approcher et pénétrer dans les moindres recoins de cet univers aquatique, le meilleur moyen est d’emprunter une embarcation sans moteur (barque, kayak). Ainsi, vous ne dérangerez pas la faune locale. Dans le parc national de Tortuguero, au ras de l'eau, vous ferez corps avec la nature. Elle vous dévoilera alors ses plus beaux trésors (boas, caïmans, loutres, singes hurleurs et capucins) tout comme à Boca Tapada, une région méconnue, au nord-est du pays.
Les marécages sont des lieux recherchés par les oiseaux migrateurs en quête de nourriture. C'est le cas de la réserve de Cano Negro où spatules roses, anhinga d’Amérique, cigognes et ibis viennent se régaler et se reposer. Un bateau silencieux permet une approche tout en douceur. Plus imposants sont les animaux qui vous attendent sur le rio Tarcoles. D'énormes crocodiles y ont élu domicile. Mais n'ayez crainte, en bateau, vous serez en sécurité pour les approcher de très près. Sensations garanties !
Autre milieu fascinant, celui des mangroves. Les palétuviers forment des forêts qui semblent flotter sur l'eau. Cet inextricable enchevêtrement, dans les airs comme sous l'eau, forme un abri autant pour les poissons, crabes, caïmans que pour les oiseaux, serpents et mammifères. Pour en avoir un bel exemple, explorez la mangrove de Sierpe. Elle est tellement remarquable qu'elle a été classée au patrimoine mondial de l'Unesco pour ses dimensions et sa diversité.