
La géographie a un impact prépondérant sur le climat, la faune et flore que l'on peut trouver en Bosnie-Herzégovine. En effet, les Alpes dinariques coupent en deux le pays et s'étirent d'Ouest en Est. Les montagnes souvent préservées abritent une flore endémique.
Les Alpes dinariques sont un massif montagneux s'étirant tout le long des Balkans et qui reste relativement proche de la mer Adriatique. C'est un massif calcaire, ainsi de nombreuses cascades peuvent être observées en Bosnie-Herzégovine. Les sommets ne sont jamais très hauts, le point culminant se situant à 2386 m d'altitude, au mont Maglic, cependant il y a un grand nombre de sommets au delà de 1800 m. De manière générale, le pays est très montagneux et cela a un impact sur les temps de trajet.
La partie sud de l'Herzégovine est moins escarpée et laisse place à de grandes plaines et des deltas autour de la rivière Neretva, tandis qu'au nord on retrouve également des plaines au-delà des Alpes dinariques.
Comme l'on pourrait s'en douter, l'étirement du massif montagneux que sont les Alpes dinariques a un impact majeur sur le climat, nettement différencié en fonction du relief. La partie méridionale des Alpes dinariques est sous influence directe de la mer Adriatique lui apportant de l'air chaud. Le climat est donc méditerranéen dans une fraction de l'Herzégovine, notamment à Mostar. Alors qu'à Sarajevo, en pleine vallée des Alpes dinariques, c'est un climat continental qui règne.
Sur les quelques 20 km du littoral bosnien, on peut retrouver les oiseaux typiques des côtes adriatiques : goélands, mouettes, cormorans. Dans les terres et en montagne on trouvera des espèces difficiles à voir en Europe occidentale. La nature encore sauvage facilite l'installation de l'aigle royal, fauve, doré, impérial ou encore de faucons. On trouve également des loups et même des ours, notamment dans le parc national de Sutjeska.
Le territoire est composé à 40% de forêts, en danger à cause de leur exploitation, mais les arbres ne se différencient guère du reste de l'Europe par leur originalité : principalement des hêtres, des chênes, des érables, tilleuls et frênes. Les sapins prennent le relais en altitude. Le parc national de Sutjeska abrite une des dernières forêts primaires d'Europe, la réserve de Perućica, abritant notamment une espèce endémique : le pin noir.