C’est en l’an mille qu’apparaît en Indonésie une civilisation qui marquera l’île pour toujours…
En l’an 1000 avant Jésus-Christ, la civilisation de Dong Son, originaire du Vietnam et du Sud de la Chine, se répand en Indonésie : le pays en gardera les rituels, techniques et cultes. Les premiers temples bouddhistes et hindous datent, quant à eux, du VIIIe siècle, notamment le très célèbre monument de Borobudur. Hindouisme et bouddhisme fusionnent en 1200, avec l’avènement du royaume de Majapahit. Le règne de Hayam Wuruk au XIVe siècle constitue l’apogée de la civilisation javanaise. Au XVe siècle, l’Islam devient religion d’Etat.
En 1512, les Portugais débarquent et prennent le pouvoir sur les différents comptoirs. Puis, en 1596, c’est au tour du gouvernement hollandais de fonder la Compagnie hollandaise des Indes orientales. Près de deux siècles plus tard, la Compagnie est liquidée et l’empire commercial devient un empire colonial : c’est la naissance des Indes néerlandaises.
L’Indonésie se trouve déchirée, au XIXe siècle, par plusieurs révoltes. L’Islam devient le symbole de l’opposition aux Néerlandais tandis que les Pays-Bas, ayant perdu la Belgique en 1830, exploitent de plus belles les richesses des Indes orientales.
En 1942, le gouvernement colonial se rend aux Japonais. Si les Indonésiens voient d’abord les Japonais comme des libérateurs, ils les rejettent très rapidement par la suite. En 1945, Sukarno, fondateur du PNI, Partai Nasional Indonesia, proclame l’indépendance de son pays. Sukarno s’approprie le pouvoir et massacre en 1965 les communistes indonésiens suite à une tentative de coup d’Etat. L’indonésie envahit le Timor-Oriental en 1975 et, vingt ans plus tard, suite à de très graves émeutes, Jusuf Habibie remplace Sukarto à la tête de l’Etat.
Les premières élections présidentielles démocratiques en Indonésie ont lieu en 1999 : Abdurrahman Wahid en sort vainqueur. En 2000, quand l’ancien président Sukarto est reconnu inapte à comparaître alors qu’il a été mis en accusation, de violents affrontements ont lieu. Des crises régionales éclatent en Papouasie occidentale et aux Moluques notamment. Le président Wahid approuve donc une intervention militaire. Au total, on compte 5000 victimes aux Moluques.
En 2002, les affrontements et violences entre musulmans et chrétiens aux Moluques cessent suite à une déclaration de paix. L’Etat indépendant du Timor-Oriental est proclamé. La même année, un attentat à Kuta revendiqué par le réseau Al-Qaida fait 192 morts. En 2004, c’est au tour d’un tsunami ravageur de faire 230 000 victimes. Susilo Bambang Yudhoyono est réélu président en 2009 et l’Indonésie ne souffre pas trop de la récession mondiale. En septembre, Padang, la capitale de Sumatra Ouest (à visiter lors d'un séjour en Indonésie), est frappée par un séisme destructeur et faisant au moins 5000 victimes. En 2010, c’est la Papouasie qui est frappée par un séisme d’une intensité de 6,2 sur l’échelle de Richter.